2018年3月17日，十三屆全國人大一次會議表決通過了國務院機構改革方案，決定將“國家質量監督檢驗檢疫總局的出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關總署”。
根據海關總署對重慶海關職能配置、內設機構和人員編制的批復，重慶海關下設12個正處級隸屬海關單位，分別是：重慶江北機場海關、重慶港海關、重慶郵局海關、兩路寸灘海關、兩江海關、西永海關、渝州海關、永川海關、涪陵海關、萬州海關、黔江海關、重慶海關風險防控分局。
機構改革后，重慶海關設15個正處級內設機構，另設立3個正處級機構，重慶海關緝私局及各緝私分局機構設置不變。
內設機構
另設三個正處級機構
隸屬海關單位
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔本口岸進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品和人員的單證審核、稅收征管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔本口岸進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品和人員的海關查驗、檢驗、檢疫工作。
（四）承擔重慶空港國際快件及郵政商業快件的實際監管。
（五）承擔重慶關區使領館公自用物品及外交郵袋相關工作。
（六）承擔本口岸的物流監管。
（七）承擔本口岸海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）及保稅監管場所的實際監管。
（八）承擔本口岸機場、航空器免稅店及其免稅商品監管。
（九）承擔本口岸行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（十）承辦本口岸自貿試驗區的相關工作。
（十一）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：67153210
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔本口岸進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品和化妝品的海關查驗、檢驗、檢疫工作。
（四）承擔本口岸的物流監管。
（五）承擔本口岸海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）的實際監管。
（六）承擔本口岸行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（七）承辦本口岸自貿試驗區的相關工作。
（八）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：61875189、61875114
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔口岸郵遞進出境貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔口岸郵遞進出境貨物、物品、動植物及其產品、食品和化妝品的海關查驗、檢驗、檢疫工作。
（四）承辦本口岸海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）的實際監管。
（五）承擔本口岸行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（六）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：88367533
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管、保稅監管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品和化妝品的海關查驗、檢驗、檢疫工作。
（四）承擔轄區海關特殊監管區域和保稅監管場所的實際監管。
（五）承擔轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）的實際監管。
（六）承擔轄區企業管理工作。
（七）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等后續監管工作。
（八）承擔轄區行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（九）承辦轄區自貿試驗區相關工作。
（十）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：61877312、61877321
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）集中辦理重慶海關交辦的關區行政審批事項。
（三）集中辦理重慶海關交辦的關區審核事項。
（四）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管、保稅監管等海關現場綜合業務工作。
（五）承擔本轄區的進口目的地檢驗、出口產地/組貨地檢驗檢疫工作。
（六）承擔轄區企業管理工作。
（七）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等后續監管工作。
（八）承擔轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）及保稅監管場所的實際監管。
（九）承辦轄區自貿試驗區相關工作。
（十）承擔轄區行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（十一）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：81392524
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管、保稅監管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品和化妝品的海關查驗、檢驗、檢疫工作。
（四）承擔轄區海關特殊監管區域和保稅監管場所的實際監管。
（五）承擔轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）的實際監管。
（六）承擔轄區企業管理工作。
（七）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等后續監管工作。
（八）承擔轄區行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（九）承辦轄區自貿試驗區相關工作。
（十）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：88616253
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管、保稅監管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品和化妝品的海關查驗、檢驗、檢疫工作。
（四）承擔轄區的物流監管。
（五）承擔轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）及保稅監管場所的實際監管。
（六）承擔轄區企業管理工作。
（七）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等后續監管工作。
（八）承擔轄區行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（九）承辦轄區自貿試驗區相關工作。
（十）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話： 61526551、61526505
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔轄區的進口目的地檢驗、出口產地/組貨地檢驗檢疫工作。
（四）承擔轄區企業管理工作。
（五）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等后續監管工作。
（六）承辦轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）相關工作。
（七）承擔轄區行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（八）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：48798119
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管、保稅監管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔轄區的進口目的地檢驗、出口產地/組貨地檢驗檢疫工作。
（四）承擔轄區企業管理工作。
（五）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等后續監管工作。
（六）承擔轄區海關特殊監管區域的實際監管。
（七）承擔轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）的實際監管。
（八）承擔轄區行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（九）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：72200186
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品和人員的單證審核、稅收征管、保稅監管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品和化妝品的海關查驗、檢驗、檢疫工作。
（四）承擔本轄區的物流監管。
（五）承擔轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）及保稅監管場所的實際監管。
（六）承擔轄區企業管理工作。
（七）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等后續監管工作。
（八）承擔轄區行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（九）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：58370080
主要職責：
（一）監控研判本關各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責黨的基層組織建設、干部隊伍建設、財務管理等日常管理工作。
（二）承擔轄區進出境運輸工具、貨物、物品、動植物及其產品、食品、化妝品的單證審核、稅收征管等海關現場綜合業務工作。
（三）承擔轄區的進口目的地檢驗、出口產地/組貨地檢驗檢疫工作。
（四）承擔轄區企業管理工作。
（五）承擔轄區企業稽查、核查、貿易調查、市場調查等后續監管工作。
（六）承辦轄區海關監管作業場所（場地）、專業類場所（場地）相關工作。
（七）承擔轄區行政處罰簡易程序案件、簡單案件。
（八）承辦重慶海關交辦的其他工作，反饋執法作業結果。
咨詢電話：87912309
重慶海關風險防控分局
主要職責：
（一）整合關區業務風險信息，掌握關區業務風險態勢，組織起草業務風險態勢報告，服務關黨組決策和職能管理。
（二）下達關區布控查驗指令和稽核查指令，統籌關區業務風險，向一級風險防控中心報送信息情況及風險參數、布控指令、稽查指令等設置建議。
（三）承擔關區快件、跨境電商等非貿領域業務風險防控。
（四）組織實施檢驗檢疫證書電子數據審核和未抽中貨物的合格評定。
（五）開展關區安全準入風險監控分析，落實對第一進境地或出境地為關區口岸的貨物、運輸工具的安全準入風險防控，實施業務調度、流程控制，并開展關區業務風險防控運行監控。
（六）落實關區業務風險的應急處置要求。
（七）承辦重慶海關交辦的其他工作。
咨詢電話：67709438
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