綜合保稅區是經海關批準設立具有保稅港區功能的海關特殊監管區域，集保稅區、出口加工區、保稅物流區、港口功能于一身，可以發展國際中轉、配送、采購、轉口貿易和出口加工等業務，執行保稅港區的稅收和外匯政策。
一、綜合保稅區與保稅區、保稅港區的區別
綜合保稅區與保稅區的關系：
綜合保稅區是在保稅區之后出現的又一種特殊監管區域形態，其功能定位延續了保稅區的特點，但又與其有不同之處。保稅區級別低于綜合保稅區，兩者之間最大的區別主要提現在保稅區是進口入區保稅、國內產品入區不退稅，離境退稅。
綜合保稅區與保稅港區的區別：
保稅港區一般臨港而建，可以實施區港一體化；綜合保稅區一般通過“區港聯動”來加強與水港、空港的對接，實現其港口作業功能。
二、綜合保稅區政策匯總
1. 稅收優惠政策：
① 基建物資及設備進口免征進口關稅和進口環節稅【基建所需、生產所需、自用所需（含合理數量的辦公用品）】
② 境內貨物入區視同出口，實行出口退稅；區內貨物進入境內銷售按貨物進口有關規定辦理報關手續，并按貨物實際報驗狀態征稅；區內企業之間貨物交易免征增值稅、消費稅。
③ 經批準或授權可以享受的稅收政策【選擇性征收關稅政策（按進口料件或按實際報驗狀態繳納進口關稅）、跨境電商零售進口稅收政策、賦予區內企業增值稅一般納稅人資格政策、經批準或授權的其它稅收政策】
2. 外匯管理政策：
① 區內企業向境外支付貨款，無需辦理進口付匯核銷，另有規定的除外；
② 區內企業向境外出口貨物，在海關辦理了保稅貨物出境備案的，收匯后無需辦理出口收匯核銷；
③ 境內區外企業購買區內貨物，憑有效憑證和商業單據可以向區內企業支付，可以直接向境外支付，也可以向其他境內區外貨權企業支付。境內區外貨權企業收到前述境內區外企業的外匯后，按規定憑入賬通知或結匯水單等憑證辦理核銷手續。
3. 貿易管制和外匯政策：
① 與境外之間進出的貨物不實行進出口配額、許可證件管理；另有規定的除外。
② 進出區（境內區外）貨物可用外幣或人民幣結算。
4. 海關監管政策：
① 海關對綜保區與境外之間進出口貨物實行備案制管理（貨物的備案、報關、查驗、放行、核銷手續都在區內辦理）；
② 區內企業可向海關集中申報；
③ 保稅港區內的貨物可以自由流轉；
④ 海關對保稅港區與其它海關特殊監管區域或保稅區監管場所之間往來的貨物實行保稅監管；
⑤ 保稅港區貨物不設存儲期限，但存儲期限超過兩年的，區內企業需每年向海關備案。
5. 加工貿易政策：
① 綜保區內企業不實行加工貿易銀行保證金臺賬和合同核銷制度，不實行單耗標準管理；
② 綜保區與境外之間進出口貨物不實行進出口配額、許可證管理；
③ 綜保區內企業在加工生產過程中產生的邊角料、廢品，以及加工生產、儲存、運輸等過程中產生的包裝材料，經海關批準，可以運往區外；
④ 經海關批準，區內企業可以將其進口料件和生產的半成品委托區外企業加工，經加工后返回綜保區。
6. 檢驗檢疫政策：
① 從境外進入區內的倉儲物流貨物、辦公用品、出口加工原材料零部件免予強制性產品認證；
② 對入區后又復出區進入境內市場的貨物，在檢驗檢疫有效期內免予實施檢疫；
③ 轉口應檢貨物出境時一般不再實施檢驗、檢疫，另有規定以及輸入國或地區政府要求入境時出具我國檢驗檢疫機構簽發的檢疫證書/檢疫處理證書的除外；
④ 區內企業之間銷售、轉移進出口應檢貨物，免予實施檢驗檢疫。
7. 各地制定的鼓勵本地綜保區發展的政策：
① 對開展保稅檢測和售后維修服務的企業給予廠房租賃補貼；
② 對跨境電商服務商和跨境電商平臺企業給予庫房租金補貼；
③ 對物流、快遞企業給予郵遞資費補貼、轉關補貼；
④ 對進出口貿易類企業給予物流費用補貼；
⑤ 對從事國際中轉業務的企業給予倉儲費用補貼；
⑥ 對金融機構或金融服務企業給予融資貼息補貼
三、綜合保稅區可以開展哪些業務？
1. 進出口貨物存儲：
? 可存儲進出口貨物和其它未辦結海關手續貨物，原則上不設存儲期限，另有規定的除外。通常來講，保稅倉儲費用要高于非保稅倉儲費用。倉儲費用通常也會有補貼政策，最高可給予100%補貼。
2. 國際轉口貿易：
? 多數區內企業在開展轉口貿易業務的同時，還會提供流通性加工和臨港增值服務。貨物出口到綜合保稅區賣給A國，A國再賣給B國，貨物停留在綜合保稅區不發生物理位移而產權發生了轉移的情況也屬于轉口貿易。該類業務可給予租房、倉儲補貼和運營獎等扶持。
3. 國際采購、分銷和配送：
? 國內外采購，在區內做流通性簡單加工和增值服務（分級、分類、分拆、分揀、分裝、組合包裝、加刷嘜碼等），提成集拼、配送效率。
4. 國際中轉：
? 國際中轉是從物流角度出發，轉口貿易是從貨物產權角度。因此就會有一類貨物既是國際中轉貨物又是轉口貿易貨物。有的綜保區會給予國際中轉業務的企業100%倉儲補貼。
5. 檢測和售后服務維修業務：
? 區內企業可以以保稅方式將存在部件損傷、功能失效、質量缺陷等問題的貨物或運輸工具從境外運入綜保區內進行檢測、維修后復運出境，或從境內區外運入區內檢測維修后復運出區進入境內。該類業務不包含外籍船舶、航空器。一般對此類企業可給予廠房租金補貼和運營補貼等。
6. 商品展示：
? 通過提供擔保的形式，將進口商品運至綜保區規劃面積以內、圍網以外綜合辦公區專用的展示場所或區外其它固定場所，進行展示和交易，展示的商品只有在交易后才正式繳納進口環節稅費，可減輕企業資金占用和經營成本。可給予此類業務的企業運營補貼。
7. 研發、加工、制造：
? 利于整體降低研發成本，形成優惠政策疊加，目前有的綜保區對加工制造類企業按照加工進出口貨值給予物流運費補貼，對保稅研發類企業給予研發費用補貼及運營補貼。
8. 港口作業：
? 在有港口的綜保區的口岸作業區內，進行集港調度、貨物裝卸等口岸作業。
9. 經海關批準的其它業務
四、綜合保稅區海關監管制度
1. 企業管理制度
? 應當取得市場主體資格
? 辦理相關海關注冊手續
? 進口食品境外生產企業注冊
? 進境動植物產品國外生產、加工、存放單位注冊登記
? 報關單位（進出口貨物收發貨人、報關企業）備案手續
? 國內生產企業存在許可要求的應當依法取得國內生產許可
2. 保稅監管制度
? 海關對區內企業實行計算機聯網管理
? 依托信息化系統設立保稅電子賬冊，通過備案、變更、單耗、核銷等作業，記錄并監管企業進、出、轉、存等經營生產活動，并滿足保稅租賃、保稅維修等特色業態
? 以智能化卡口作為管理貨物進出區的抓手
? 通過車輛自動識別、信息采集、風險判斷、自動驗放等多功能集成，實現貨物與電子賬冊、海關關員風險防控系統聯動作業
3. 通關制度
? 一線備案制、二線報關制
? 綜保區與境外進出的貨物及設備實行備案制，企業申報進出境貨物備案清單
? 綜保區與境區外進出的貨物，通常申報進出口貨物報關單（實行便進出區個別貨物除外）
? 海關查驗及檢驗檢疫
? 海關對境外入區或者區內運往境外的進出境貨物的運輸包裝、集裝箱及相應的交通運輸工具實施檢疫
? 綜保區與境區內進出的貨物不實施檢驗
? 查驗、檢驗按有關規定執行（例如：有的貨物在一線入區檢驗，有的在二線出區檢驗）
? 海關根據需要對通過指定通道進出的交通工具及人員實施檢查
? 稅收征管及擔保
? 海關根據需要對通過指定通道進出的交通工具及人員實施檢查
? 涉及免稅設備、商品歸類、完稅價格、原產地、進出口關稅稅率等要素
? 集中申報
? 區內企業可以季度為單位辦理集中申報手續
4. 稽查及核查制度
? 海關稽查、保稅核查是海關的兩類執法行為
? 不同：在執法依據、作業內容范圍、作業時限、作業手段等方面存在不同
? 相同：均通過數據核實、單證檢查、實地盤點、貨物核對等方式，檢查、監督企業經營行為
5. 統計管理制度
? 海關對綜保區與境外進出的貨物實施貿易統計
? 對綜保區與境區外進出的貨物，海關實施海關單項統計和海關業務統計
? 對與綜保區相關的海關監督管理活動和內部管理事務，實施海關業務統計
6. 違法責任追究制度
? 法律依據：海關法、海關行政處罰實施條例、刑法、刑事訴訟法
五、綜保區對企業作用
綜合保稅區的價值需要參透政策的內涵挖出價值來，這些價值很多也是間接價值。
1. 便利物流成本優化
? 企業基于綜合保稅區，可以開展來料加工、進料加工貿易，通過恰到好處的流轉操作，也能節省出過程成本。
? 出口企業經海關報關進入特殊區域并銷售給特殊區域內單位或境外單位、個人的貨物，可以視同出口享受退（免）稅政策。
減輕資金周轉壓力
企業通過緩稅（先入區不交稅，等出區時才交稅）能靈活地進行資金周轉，減輕墊資壓力。
2. 減少進口原料成本
在綜合保稅區內的企業，其從國外購入的材料予以保稅，即免征進口稅收。
3. 銷售方向不受限制
? 其產品可以外銷，也可以內銷，外銷免征出口稅收，內銷對方應按進口貨物繳納進口稅收，不繳納增值稅，不能開具增值稅專用發票。
? 但是如果運入特殊區域的貨物最終銷售給從特殊區域報關進口的區外企業，是不適用出口退稅政策的，需要視同內銷征稅。
4. 方便靈活響應市場
? 一些商品進口周期很長，如果能先保稅存儲，待相關商品價格高漲后再出手就能賺取可觀的利潤。
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